A certificação é um processo voluntário em que é realizada uma avaliação de um empreendimento florestal, por uma organização independente, a certificadora, e verificado o cumprimento de questões ambientais, econômicas e sociais que fazem parte dos Princípios e Critérios do FSC. O processo pode ser resumido em macro-etapas:
Contato inicial - a operação florestal entra em contato com a certificadora;
Avaliação - análise geral do manejo, da documentação e da avalicação de campo, com o objetivo de preparar a operação para receber a certificação. Nessa fase, são realizadas as consultas públicas, nas quais os grupos de interesse podem se manifestar;
Adequação - após a avaliação, a operação florestal deve adequar as suas não-confirmidades (quando as houver);
Certificação da operação - a operação florestal recebe a certificação. Nessa etapa, a certificadora elabora e disponibiliza um resumo público da certificada;
Monitoramento anual - após a certificação, é realizado um monitoramento anual pela certificadora.